La Chiesa di San Sebastiano risale al XIII secolo. Edificata a una certa distanza dal centro abitato, svolse la duplice funzione di accogliere i pellegrini nei periodi giubilari e i viandanti in genere in occasione delle quarantene imposte nel corso delle frequenti epidemie. L’intitolazione della chiesa venne poi estesa a San Rocco: due santi accumunati proprio dalla protezione che erano in grado di assicurare contro diverse malattie ed in particolare la peste.
L’interno della chiesa è caratterizzata dal ciclo di affreschi cinquecenteschi con le immagini di San Girolamo, dell’Annunciazione, e di San Michele Arcangelo. Sullo sfondo di quest’ultimo, si individua il profilo di un paese che con ogni probabilità è proprio Acuto cosi come appariva 500 anni fa. Inseriti in strutture architettoniche di gusto rinascimentale fittamente decorati con motivi grotteschi, i santi titolari, San Sebastiano e San Rocco sono rappresentati nell’abside insieme ad una Madonna con bambino. Nel catino absidale un Padre Onnipotente nell’atto di benedire.
Questo ciclo principale fu commissionato nel 1528 forse dal Vescovo di Anagni Mons. Torelli, pochi mesi dopo il Sacco di Roma e la successiva epidemia di peste. Altri affreschi sempre risalenti alla prima metà del XVI secolo e caratterizzati con poche varianti da soggetti analoghi sono interpretabili come ex-voto furono realizzati sulle pareti laterali in occasione di successive epidemie cui gli abitanti del paese scamparono. Un ulteriore ex-voto, risalente al 1657, è la lapide posta esternamente, sopra la porta di ingresso.
Le due cappelle laterali sono state invece affrescate nel XVII secolo: quella di destra fu fatta realizzare dalla famiglia Savelli, e successivamente dedicata a San Rocco. Quella di sinistra è sovrastata dal «quadrato magico» che reca al suo interno la scritta palindroma «Deo Gratias», ed era dedicata alla Madonna. È probabile che proprio in questa nicchia fosse alloggiata la Madonna di Acuto, celebre statua lignea del XIII secolo oggi esposta nel Museo di Palazzo Venezia a Roma.
Nel corso della prima metà XIX secolo la chiesa è stata infine utilizzata come primo cimitero extra-urbano di Acuto in occasione delle epidemie di colera, fin quasi all’Unità d’Italia.